نویسندگان
سبزوار، جنب پلیس راه، دانشکده علوم پزشکی
چکیده
زمینه و هدف: بررسی تغییرات ژنتیکی در سرطان ها از دید مولکولی جهت تشخیص، پیگیری و درمان، لازم و ضروری است. برای انجام کارهای مولکولی اولین قدم استخراج DNA است. به کارگیری روش های عملی آسان و ارزان که بتواند استخراج DNA را برای کارهای مولکولی آسان تر کند، مفید خواهد بود معمولا پس از جراحی، نمونه های سرطانی به طور روتین در فرمالین ثابت و در پارافین قالب گیری می شوند و استخراج DNA با کیفیت مناسب از چنین نمونه های مهم است. هدف ما در این پژوهش مقایسه استخراج DNA به دو روش Chelex و فنل کلروفرم از بلوک های پارافینی سرطان کولورکتال و تاثیر آن در PCR-SSCP می باشد.
مواد و روش ها: این مطالعه از نوع توصیفی تحلیلی است که بر روی 60 نمونه سرطان کولورکتال انجام شد. 10 نمونه در ناحیه رکتوم و 50 نمونه در بخش های مختلف روده بزرگ قرار داشتند. DNA نمونه ها به دو روش فنل کلروفرم و Chelex استخراج گردید. با اسپکتروفتومتری کمیت و کیفیت DNA اندازه گیری شد. سپس با پرایمرهای ویژه ژن P53 با PCR تکثیر گردید و متعاقب آن، الکتروفورز انجام شد. دو روش Chelex و فنل کلروفرم با ضریب توافق کاپا تجزیه و تحلیل شدند.
یافته ها: از 60 نمونه مورد مطالعه، 15 نفر خانم و 45 نفر مرد بودند. سن بیماران در نمونه مورد مطالعه بین 44 تا 91 سال و میانگین سن آن ها 62 سال بود. در روش Chelex از نمونه های فیکس شده در فرمالین، در 44 نمونه DNA با کیفیت مناسب استخراج شد که PCR آن ها مثبت بود. در حالی که در روش فنل کلروفرم در همین نمونه ها در 32 نمونه DNA مناسب برای PCR مثبت وجود داشت. بین روش Chelex و فنل کلروفرم ارتباط معنی داری مشاهده شد (p
کلیدواژه‌ها
عنوان مقاله [English]
COMPARISON OF DNA EXTRACTION FROM CANCER TISSUE SPECIMENS FIXED IN PARAFFIN BLOCKS BY CHELEX AND CHLOROFORM METHODS
نویسندگان [English]
- SM ZARGARIAN
- R GOLMOHAMMADI
چکیده [English]
Background and purpose: Assessment of genetic changes from a molecular viewpoint is essential for diagnosis, follow-up and treatment. For molecular procedures, DNA extraction is the first step. Therefore, applying economical and easy procedures will be helpful. Pathological specimens are normally fixed in formalin and paraffin after surgery and it is important to extract quality DNA from specimens. This study is intended to compare Chelex and Phenol / Chloroform methods of DNA extraction in Paraffin-embedded Colorectal Cancer specimens and their effect on PCR-SPSS.
Methods and Materials: This descriptive-analytical study was conducted on 60 colorectal cancer specimens including 10 rectal and 50 various colon specimens. DNA extractions were done by Chelex and Phelex / Chloroform methods and their quality and quantity were measured by spectrophotometer. The P53 gene was amplified using specific primers in a PCR assay and, consequently, electrophoresis was done. The two methods were compared and analyzed by Kappa coefficient.
Results: Out of 60 subjects, 15 were female and 45 male. Their age ranged from 44 to 91 with the mean being 62 years. Quality DNA was extracted from 44 formalin-fixed specimens by Chelex method, and the PCR was positive. However, with the same sample, 32 specimens had suitable PCR assay by Phenol / Chloroform method. Therefore, a significant relationship was observed between the two methods (p
کلیدواژه‌ها [English]
- Chelex
- PCR
- DNA
)