نوع مقاله : مقاله پژوهشی
نویسندگان
1 دانشجوی دانشگاه اصفهان
2 استاد دانشگاه اصفهان
چکیده
چکیده
زمینه و هدف: نشانگان میاستنی مادرزادی (CMS) یک بیماری هتروژنی است که به سه نوع پیشسیناپسی، سیناپسی و پسسیناپسی تقسیم میشود. نشانگان میاستنی مادرزادی نوع سیناپسی به دلیل جهشهای مغلوب در ژن COLQ رخ میدهد. روش ایدهال برای تشخیص مولکولی این بیماری آنالیز مستقیم جهشهای ژنی است که بسـیار وقتگیر و پرهزینه میباشـد، بنابراین از روشهای جایگزین به عنوان مثال بررسـی پیوسـتگی با اسـتفاده از مارکرهای چند شـکلی ازجمله چندشـکلیهای تک نوکلئوتیدی (SNP) میتوان استفاده کرد.
مواد و روشها: در این مطالعه ابتدا ازطریق بررسیهای بیوانفورماتیکی مارکر rs2278961 واقع در ناحیه UTR'3 ژن COLQ انتخاب شد. بعد از انتخاب مارکر، طراحی پرایمر انجام شد و درنهایت مارکر rs2278961 در جمعیت اصفهان ازطریق تکنیک ARMS PCR تعیین ژنوتیپ شد و با استفاده از اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ، درجه هتروزیگوسیتی و فراوانی آللی آن به کمک پایگاه Genepop محاسبه گردید. درنهایت از نرمافـزار PIC Calculator بـرای تخمیـن مقدار PIC (Polymorphism Information Content) اسـتفاده شـد.
یافتهها: با توجه به نتایج حاصل از پایگاههای Genepop و PIC Calculator، فراوانی آلل مغلوب A (MAF)، درجه هتروزیگوسیتی و مقدار PIC به ترتیب 539/0، 61842105/0 و 3735/0 تخمین زده شد.
نتیجهگیری: از آنجایی که 2/0MAF> و PIC نزدیک به 375/0 از معیارهای لازم جهت یک مارکر کارامد میباشند، بنابراین rs2278961 با دارا بودن شرایط ذکر شده، میتواند به عنوان مارکر مناسب جهت تشخیص مولکولی بیماری CMS در جمعیت ایرانی پیشنهاد گردد.
کلیدواژهها
موضوعات
عنوان مقاله [English]
Analysis of Genetic Variation of rs2278961 Marker in COLQ Gene as an Informative Marker for Molecular Diagnosis of Congenital Myasthenic Syndrome in the Isfahan population
نویسندگان [English]
- nafise moeinifar 1
- sadeq vallian 2
2 Professor - university of isfahan
چکیده [English]
Abstract
Background: Congenital myasthenic syndromes (CMS) recognized as heterogeneous disorders arising from presynaptic, synaptic, or postsynaptic defects. Congenital myasthenic syndrome due to defects in synaptic activity of the acetylcholinesterase enzyme (AChE) is caused by recessive mutations in the COLQ gene. Ideal method for molecular diagnosis of this disease is direct analysis of the gene mutations, which is expensive and time consuming. Therefore, alternative methods such as linkage analysis using polymorphic markers including single nucleotide polymorphism (SNP) is suggested.
Materials and Methods: In this study, using bioinformatic analysis, rs2278961 marker located on 3'UTR of COLQ gene was selected which contains 2 alleles G and A. rs2278961 marker was genotyped in the Isfahan population by ARMS PCR technique, using specific primers. Degree of heterozygosity and allelic frequencies were calculated by Genepop software. Finally, the amount of polymorphism information content (PIC) was computed by PIC Calculator software.
Results: According to the results of Genepop and PIC Calculator, the frequency of recessive allele A (MAF), the degree of heterozygosity and the PIC were estimated 0.539, 0.61842105 and 0.3735, respectively.
Conclusion: Since the MAF>0.2 and PIC close to 0.375 are the criteria for an efficient marker, rs2278961 having mentioned conditions, therefore it could be suggested as an appropriate markers for diagnosis of CMS disease in Iranian population.
کلیدواژهها [English]
- rs2278961
- Congenital Myasthenic Syndrome disease (CMS)
- Isfahan population
- single nucleotide polymorphism (SNP)