جعفر وطن دوست؛ ملیکا فصیح فر
دوره 21، شماره 6 ، آذر و دی 1393، ، صفحه 977-984
چکیده
زمینه و هدف: مطالعه‌ی حاضر با هدف آشکارسازی پروتئین(های) کاندید به‌عنوان سوبسترای آنزیم گاماکربوکسیلاز در دروزوفیلا جهت به‌کارگیری پروپپتید مربوط برای گاماکربوکسیله‌کردن بهتر پروتئین‌هایی مثل فاکتور 9 انسانی که برای فعالیت خود نیاز به گاما کربوکسیله‌شدن دارند، انجام‌شد.
موادّ و روش‌ها: توالی نوکلئوتیدی تمام پروتئین‌های ...
بیشتر
زمینه و هدف: مطالعه‌ی حاضر با هدف آشکارسازی پروتئین(های) کاندید به‌عنوان سوبسترای آنزیم گاماکربوکسیلاز در دروزوفیلا جهت به‌کارگیری پروپپتید مربوط برای گاماکربوکسیله‌کردن بهتر پروتئین‌هایی مثل فاکتور 9 انسانی که برای فعالیت خود نیاز به گاما کربوکسیله‌شدن دارند، انجام‌شد.
موادّ و روش‌ها: توالی نوکلئوتیدی تمام پروتئین‌های واجد ناحیه‌ی گاما کربوکسی گلوتامیک اسید (گلا) در انسان، دروزوفیلا و حلزون حلقوی موجود در بانک ژن(NCBI) مورد استفاده قرارگرفتند. جستجوی ژنوم‌ها با استفاده از برنامه‌های Blastn و Blastp انجام‌شد. موقعیت پروپپتید و ناحیه گلا درتمام این پروتئین‌ها با استفاده از برنامه بلاست بررسی‌گردید. همچنین از برنامه‌ی tblastn برای پیش‌بینی حضور پروتئین مشابه، از نرم-افزارProDom برای یافتن پروتئین‌های کاندید واجد ناحیه‌های گلا، از نرم‌افزار PROSITE برای یافتن پروتئین‌های دروزوفیلایی با الگوهای مشابه و از برنامه‌ی Pfam و SMARTبرای ارزیابی موقعیت ناحیه‌ی گلای احتمالی در پروتئین‌های کاندید استفاده‌گردید.
یافته‌ها: جستجوی بانک اطلاعاتی ژنوم دروزوفیلا براساس توالی اجمالی ناحیه‌ی گلا، توالی اجمالی پروپپتید، الگوی حاصل از پروپپتید پستانداران و توالی اجمالی پروپپتید پروتئین‌های گلای حلزون حلقوی، هیچ پروتئین واجد گلایی را آشکارنساخت. اما جستجوی ژنوم دروزوفیلا با استفاده از توالی پروپپتیدی تک تک پروتئین‌های گلای حلزون حلقوی منجر به آشکارسازی حداقل 9 پروتئین واجد ناحیه گلا در دروزوفیلا شد.
نتیجه‌گیری: تعداد و موقعیت جایگاه کربوکسیلاسیون بروی اسید امینه‌های گلوتامیک اسید در این 9 پروتئین مشابه پروتئین‌های گلای شناخته-شده‌ی مهره‌داران است. نتایج به‌دست‌آمده در این پژوهش اطلاعات اولیه را جهت انتخاب سوبسترای مناسب گاماکربوکسیلاز دروزوفیلا فراهم می-نماید.