تأثیر اثرات ترمودینامیکی بر تغییرات انرژی و مقایسه‌ی برهم‌کنش‌های ساختاری در پروتئینِ گیرنده‌ی فاکتور رشد عصبی و آنزیم پروتئینی مؤثر در یادگیری

ریحانه صباغزاده

دوره 21، شماره 2 ، خرداد و تیر 1393، ، صفحه 362-369

چکیده
  زمینه و هدف: دینامیک مولکولی، روشی برای شبیه‌سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع و گاز با استفاده از نیرو، سرعت و مکان ذرات می‌باشد. دربین این عوامل، مهمترین عامل، نیرو است. در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به‌دست‌می‌آید. پتانسیل کلاسیکی، تابعی از مکان اتم‌ها یا هسته‌هاست و به موقعیت ...  بیشتر

محاسبات مکانیک مولکولی و بررسی تأثیر حلال بر اثرات محیطی و ترمودینامیکی آنزیم کولین استیل ترانسفراز

ریحانه صباغزاده

دوره 20، شماره 5 ، بهمن و اسفند 1392، ، صفحه 659-664

چکیده
  چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می‌تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان‌های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش‌ها: روش‌های شبیه سازی مونت کارلو ...  بیشتر

تأثیر دما بر ساختار فاکتور رشد شبه‌انسولینی (IGF-1) و مطالعه‌ای مبتنی بر شبیه‌سازی با روش‌های دینامیک مولکولی و محاسبات کامپیوتری

ریحانه صباغ زاده

دوره 20، شماره 3 ، مهر و آبان 1392، ، صفحه 331-337

چکیده
  زمینه و هدف: فاکتور رشد شبه‌انسولینی به‌طور طبیعی در سیستم عصبی مرکزی (CNS) موجود است و نقش مهمی در تکثیر و تمایز سلولی در طی رشد و بلوغ مغز دارد. این فاکتورها به‌همراه پروتئین‌های پیوند به آن‌ها و گیرنده‌هایشان در نواحی آسیب دیده‌ی مغز بیان می‌شوند که نقش سیستم IGF ها را در آسیب مغزی نشان می‌دهد. شبیه‌سازی مولکولی یک روش محاسباتی ...  بیشتر