جعفر وطن دوست؛ شکوفه حسن آبادی
دوره 23، شماره 1 ، فروردین و اردیبهشت 1395، ، صفحه 169-182
چکیده
امروزه با استفاده از مهندسی ژنتیک، پروتئین‌های نوترکیبمی‌توانند در حجم انبوه برای پاسخگویی به خواسته‌های فراوان صنعت تولید شوند. پروتئین‌هاینوترکیبمی‌توانند در سیستم‌های بیانی مختلفی بیان شوند و برحسب نوع پروتئین نوترکیب، این سیستم‌های بیانی می‌توانند عاری از سلول، بر پایه سلول پروکاریوتی یا یوکاروتی باشند. برای تولید پروتئین‌های ...
بیشتر
امروزه با استفاده از مهندسی ژنتیک، پروتئین‌های نوترکیبمی‌توانند در حجم انبوه برای پاسخگویی به خواسته‌های فراوان صنعت تولید شوند. پروتئین‌هاینوترکیبمی‌توانند در سیستم‌های بیانی مختلفی بیان شوند و برحسب نوع پروتئین نوترکیب، این سیستم‌های بیانی می‌توانند عاری از سلول، بر پایه سلول پروکاریوتی یا یوکاروتی باشند. برای تولید پروتئین‌های نوترکیبدارویی در اغلب موارد تغییرات پس از ترجمه لازم است و سامانههای بیانی پستانداران در این رابطه اولین انتخاب هستند؛ اما با توجه به مشکلات تولید انبوه پروتئین‌های نوترکیب در آنها، سامانههای بیانی حشرات می‌تواند جایگزین مناسبتری برای دستیابی به بیان بالای بسیاری از پروتئین‌های نوترکیب و پیچیده موردتوجه قرار گیرند. در سالهای اخیر رده سلولی S2 از حشره دروزوفیلا به‌عنوان میزبان برای بیان پروتئین‌های نوترکیب انسانی و غیرانسانیاستفادهشده است. این سیستم با دارا بودن مزایای چون تراکم سلولی بالا و قابلیت تولید پروتئین نوترکیب تاخورده حامل تغییرات پس از ترجمه، این پتانسیل را جهت کاربرد در حوضهی صنعتی و تجاری فراهم نموده است.
جعفر وطن دوست؛ ملیکا فصیح فر
دوره 21، شماره 6 ، آذر و دی 1393، ، صفحه 977-984
چکیده
زمینه و هدف: مطالعه‌ی حاضر با هدف آشکارسازی پروتئین(های) کاندید به‌عنوان سوبسترای آنزیم گاماکربوکسیلاز در دروزوفیلا جهت به‌کارگیری پروپپتید مربوط برای گاماکربوکسیله‌کردن بهتر پروتئین‌هایی مثل فاکتور 9 انسانی که برای فعالیت خود نیاز به گاما کربوکسیله‌شدن دارند، انجام‌شد.
موادّ و روش‌ها: توالی نوکلئوتیدی تمام پروتئین‌های ...
بیشتر
زمینه و هدف: مطالعه‌ی حاضر با هدف آشکارسازی پروتئین(های) کاندید به‌عنوان سوبسترای آنزیم گاماکربوکسیلاز در دروزوفیلا جهت به‌کارگیری پروپپتید مربوط برای گاماکربوکسیله‌کردن بهتر پروتئین‌هایی مثل فاکتور 9 انسانی که برای فعالیت خود نیاز به گاما کربوکسیله‌شدن دارند، انجام‌شد.
موادّ و روش‌ها: توالی نوکلئوتیدی تمام پروتئین‌های واجد ناحیه‌ی گاما کربوکسی گلوتامیک اسید (گلا) در انسان، دروزوفیلا و حلزون حلقوی موجود در بانک ژن(NCBI) مورد استفاده قرارگرفتند. جستجوی ژنوم‌ها با استفاده از برنامه‌های Blastn و Blastp انجام‌شد. موقعیت پروپپتید و ناحیه گلا درتمام این پروتئین‌ها با استفاده از برنامه بلاست بررسی‌گردید. همچنین از برنامه‌ی tblastn برای پیش‌بینی حضور پروتئین مشابه، از نرم-افزارProDom برای یافتن پروتئین‌های کاندید واجد ناحیه‌های گلا، از نرم‌افزار PROSITE برای یافتن پروتئین‌های دروزوفیلایی با الگوهای مشابه و از برنامه‌ی Pfam و SMARTبرای ارزیابی موقعیت ناحیه‌ی گلای احتمالی در پروتئین‌های کاندید استفاده‌گردید.
یافته‌ها: جستجوی بانک اطلاعاتی ژنوم دروزوفیلا براساس توالی اجمالی ناحیه‌ی گلا، توالی اجمالی پروپپتید، الگوی حاصل از پروپپتید پستانداران و توالی اجمالی پروپپتید پروتئین‌های گلای حلزون حلقوی، هیچ پروتئین واجد گلایی را آشکارنساخت. اما جستجوی ژنوم دروزوفیلا با استفاده از توالی پروپپتیدی تک تک پروتئین‌های گلای حلزون حلقوی منجر به آشکارسازی حداقل 9 پروتئین واجد ناحیه گلا در دروزوفیلا شد.
نتیجه‌گیری: تعداد و موقعیت جایگاه کربوکسیلاسیون بروی اسید امینه‌های گلوتامیک اسید در این 9 پروتئین مشابه پروتئین‌های گلای شناخته-شده‌ی مهره‌داران است. نتایج به‌دست‌آمده در این پژوهش اطلاعات اولیه را جهت انتخاب سوبسترای مناسب گاماکربوکسیلاز دروزوفیلا فراهم می-نماید.
وحید کوشکی؛ جعفر وطن دوست؛ سید علی مرتضوی؛ علی اکبر جنت آبادی؛ سید ابوالفضل حسینی
دوره 20، شماره 5 ، بهمن و اسفند 1392، ، صفحه 726-737
چکیده
زمینه و هدف: پروبیوتیک ها میکروارگانیسم های غیر پاتوژن و مفیدی هستند که شناسایی آنها در محصولات لبنی سنتی نه تنها می‌تواند منجر به جداسازی باکتریهای پروبیوتیکی با خصوصیات ویژه شود، بلکه می‌تواند دیدگاه مناسبی برای تولید انبوه محصولات لبنی سنتی که به طور طبیعی حاوی باکتریهای پروبیوتیکی هستند به ما عرضه کند.
مواد و روش ها: پس ...
بیشتر
زمینه و هدف: پروبیوتیک ها میکروارگانیسم های غیر پاتوژن و مفیدی هستند که شناسایی آنها در محصولات لبنی سنتی نه تنها می‌تواند منجر به جداسازی باکتریهای پروبیوتیکی با خصوصیات ویژه شود، بلکه می‌تواند دیدگاه مناسبی برای تولید انبوه محصولات لبنی سنتی که به طور طبیعی حاوی باکتریهای پروبیوتیکی هستند به ما عرضه کند.
مواد و روش ها: پس از نمونه برداری محصولات لبنی از مناطق مختلف شهرستان، کشت‌های متوالی بر روی محیط‌های اختصاصی MRS Broth و MRS انجام شد. شناسایی اولیه با رنگ آمیزی گرم، تست حرکت، تست احیای نیترات، رشد در دمای oC 15 و 45، رشد در 6/9pH= و همچنین قابلیت تخمیر 11 قند بررسی شد. جهت تعیین دقیق سویه مورد نظر، ژن 16S rDNA با جفت آغازگرهای اختصاصی توسط PCR تکثیر داده شد و تعیین توالی گردید. توالی های حاصل بعد از ویرایش، بلاست نوکلئوتیدی شدند. در پایان تست تحمل شرایط اسیدی و صفراوی نیز برای نمونه های مثبت مورد بررسی قرار گرفت.
یافته ها: پس از انجام کشت‌های متوالی بر روی محیط‌های آگار اختصاصی، 16 سویه باکتری برای آنالیزهای بعدی انتخاب شدند. در شناسایی اولیه سویه‌ها توسط روش‌های فنوتیپی، 14 نمونه مثبت بودند که سپس برای شناسایی دقیق‌تر، ژن 16S rDNA تمام نمونه ها با PCR تکثیر داده شد. بعد از شناسایی مولکولی و تعیین توالی ژن 16S rDNA، بلاست توالی ها شباهت بالای نمونه ها با Lactobacillus plantarum را نشان داد. نتایج تحمل شرایط اسیدی و صفراوی نیز نشان داد که این باکتریها بهترین رشد را در 4pH= دارا می‌باشند و سویه مورد نظر توانایی رشد در حضور نمک صفراوی را دارد.
نتیجه گیری: نتایج بیوشیمیایی نشان داد که سویه رایج در محصولات مورد بررسی لاکتوباسیلوس است که تست‌های مولکولی و تعیین توالی نیز وجود L. plantarum را در محصولات مورد نظر تایید نمود. همچنین تست تحمل شرایط اسیدی و صفراوی بعنوان مهمترین خصوصیت باکتریهای پروبیوتیک نشان داد که سویه مورد نظر توانایی تحمل این شرایط را دارا می‌باشد.